Forskning, Teknik, Tvärvetenskap

Magnus Fontes: – Vi befinner oss i en smärre revolution!

Vi befinner oss i en smärre revolution, menar matematikprofessor Magnus Fontes på LTH, apropå big data-utvecklingen. Nyligen tog han därför initiativ till ”Centrum för matematisk modellering” för att samla universitetets spetskompetens inom big data-modellering och beräkning. Tanken är att också mindre initierade forskare ska kunna få stöd av erfarna kollegor i frågor som rör modellering och analys av stora data. Ja, och så ska det också bli enklare för kollegor, finansiärer och forskare vid andra lärosäten att leta upp lämplig expertis.

Matematik

Matematikprofessor Magnus Fontes tog nyligen initiativ till ”Centrum för matematisk modellering” för att samla universitetets spetskompetens inom big data-modellering och beräkning.

– Nu går det undan med ohygglig fart. Ta det mänskliga genomet som kartlades runt millennieskiftet. Det tog tio år och kostade tre miljarder dollar mätt i arbetstid, kemikalier och hårdvara. Idag kostar det mindre än tusen dollar att sekvensera ett mänskligt genom och det tar bara någon dag. Om några år skulle jag tro att det går på några timmar och kostar tjugo dollar, säger Magnus Fontes som just nu är gästprofessor vid Pasteurinstitutet i Paris.

De accelererande teknikmöjligheterna leder exempelvis till att sjukdomar allt oftare kommer behandlas utifrån patientens genetiska och s.k. fenotypiska förutsättningar och att medicineringen kan anpassas därefter.

– Det händer otroligt mycket inom biomedicinområdet just nu. Man kan jämföra med astronomin som sedan länge gör lejonparten av arbetet med hjälp av beräkningar och datorsimuleringar. Denna förflyttning från en beskrivande till en modellerande vetenskap kan man förvänta sig även inom biologi och biomedicin, spår han.

Ny teknik föder nya kunskapsbehov. Den som mest tittar i mikroskop och gör in vitro-odlingar behöver kanske ingen djuplodande matematikkunskap. Men om man via avancerade datorprogram istället ägnar dagarna åt att analysera och visualisera patientens genuttryck, proteiner och dess interaktion med bakterier, virus och parasiter, behövs lite mera insikt i hur beräkningar och statistik fungerar. Inte på specialistnivå, men så att man blir en bra beställare, användare och även forskarkollega utifall man ingår i tvärvetenskapliga projekt.

– Vid många biomedicinska forskningsinstitut i världen, exempelvis här på Pasteur-institutet, satsar man mer och mer på att utbilda biomedicinare i både statistik och beräkningskunskap. Detta för att öka kvalitén i dialogen med matematiska modellerare, statistiker och forskare i beräkningsvetenskap, berättar han.

Också i Lunds universitets utbildningsutbud bör den här kunskapen inlemmas i högre grad än idag, anser Magnus Fontes. Exempelvis förutspår en amerikansk rapport beställd av president Obama (McKinsey 2011) en enorm brist på Big data-analytiker om bara några år inom den offentliga sektorn och näringslivet.

– I första skedet bör just doktorander inom biomedicin få större möjligheter att öka sin allmänbildning inom beräkning, statistik och grundläggande modellering.

Att rusta på hemmaplan måste dock inte vara den allenarådande lösningen. Vid Matematiska institutionen har man alltid haft ett nära utbyte med såväl universiteten i närområdet som med toppuniversitet på andra håll. Institutionens doktorander är välkomna på deras kurser och deras doktorander är välkomna hit.

– I Lund har vi ett antal excellenta forskningsmiljöer, som gör oss attraktiva för forsknings- och doktorandutbyten. Och underbyggnaden till framgångsrik forskning är avancerade doktorandutbildningar. Den här nätverksmodellen har fungerat bra för oss, konstaterar han.

Med sig till Paris har Magnus Fontes exempelvis just nu tre lundadoktorander som samarbetar med forskare i hela världen i olika internationella forskningsprojekt.

Internationaliseringen av forskningen är en stark trend inom akademin i stort. Många projekt genomförs idag i forskningsnätverk som spänner över flera kontinenter där man plockar in den expertis man behöver och öppnar för breda internationella samarbeten.

– Detta gäller inte minst inom modellering och analys av stora data inom biomedicin, poängterar Magnus Fontes.

När data-tuggandet går från mus- till lejonproportioner blir sådant som tidigare var reserverat forskningslabben allmängods.

– En Stanford-forskare har under fyra år regelbundet sekvenserat delar av sitt genom. Därigenom kan han exempelvis se om han håller på att bli förkyld innan han fått några symptom. Då kan han i god tid ställa in nästa veckas möten. Tekniken för detta är egentligen inte särskilt avancerad, men dyr. Men om några år ser vi mycket mer sådant här, tror Magnus Fontes.

Text: Kristina Lindgärde

Foto: Kennet Ruona

Läs resten av artiklarna i temat om big data

Kommentera

E-postadressen publiceras inte. Obligatoriska fält är märkta *