Forskning, Medicin, Tvärvetenskap

Otroliga datamängder i nya medicinska bilder

En bild från en vanlig mobilkamera har idag en storlek på nästan 2 mega­byte. Då kan man tänka sig de enorma datamängder som ­alstras av kameror som tar tusentals bilder i tre dimensioner av en enda kroppsdel eller ett enda vävnadsprov.

Freddy Stahlberg

Så här ska data från den kommande nationella 7-Tesla-kameran hanteras, visar Freddy Ståhlberg. De samlas på LU, men ska sedan kunna föras över på ett säkert och snabbt sätt till forskare runtom i landet.

Sådana kameror, eller snarare sådan bild-alstrande teknik, finns hos LBIC, Lund University Bioimaging Center. Där tas bilder som kan avbilda hjärnans mest intrikata vindlingar och aktiviteten hos olika organ, till och med hos enskilda celler.

Att ta hand om detta dataflöde ställer stora krav på datorkraft, nätverk, lagringsteknik, lagringsutrymme, backup, brand- och inbrottssäkerhet m.m. När det handlar om bilder på patienter och försökspersoner är det också extra viktigt att se till att inga obehöriga kan komma åt materialet.

– Studier på människor ställer specifika krav på hur man hanterar bilddata. Snart ska en del av dessa data dessutom kunna bli tillgängliga också för andra universitet och universitetssjukhus, säger LBIC:s chef Freddy Ståhlberg, professor i medicinsk strålningsfysik.

Han syftar på den nya 7-Tesla-maskin som snart installeras i ett kopparklätt rum i en nybyggd paviljong invid lasarettsblocket. Tesla är ett mått på magnetstyrka, och den nya 7-Tesla-kameran blir ett kraftfullt verktyg för forskningen om hjärnans sjukdomar. Maskinen beräknas bli klar för bruk under senvåren nästa år, och ett 40-tal forskningsprojekt från hela landet står redan i kö dit.

7-Tesla-kameran är en nationell resurs, inte en ren lundaangelägenhet. Att LU fått ansvaret för den är en fjäder i hatten för universitetet, men väcker också helt nya frågor. Det gäller ju att organisera dataflödet så att rätt personer får tillgång till det på ett säkert sätt, oavsett var i Sverige de sitter.

– Man kan säga att vi ska bygga upp ett nät av slangar som kan överföra tillräckligt mycket data åt tillräckligt många håll, göra det tillräckligt fort och samtidigt garantera att det aldrig blir läckage längs vägen! säger Freddy Ståhlberg.

7-Tesla-kameran ska inte stå på universitetet utan på sjukhuset, eftersom det är där man har den rätta kompetensen för undersökningar på patienter och friska försökspersoner.

– Vi har haft många diskussioner med Region Skånes jurister och IT-avdelning för att försäkra oss om att vi tagit hänsyn till allt regelverk, bland annat personuppgiftslagen, förklarar Anders Follin. Han är IT-ansvarig på LBIC och även teknisk chef på Lunarc (se artikel sid 16).

När de biomedicinska bilderna tog steget från att vara tvådimensionella till att bli tredimensionella, så att läkarna t.ex. kan snurra på en bild av en patients huvud och studera en tumörs läge inuti hjärnan inför en kommande operation, så innebar det också ett steg över till ”big data”. Nästa steg, som togs för ett par år sedan, är att ny vetenskaplig infrastruktur som 7-Tesla-kameran blir nationellt tillgänglig och inte bunden till ett enskilt universitet.

– Den vetenskapliga infrastrukturen har blivit allt mer avancerad och dyr, och de enorma mängder data som genereras kräver också avancerad och dyr utrustning. Därför anser anslagsgivarna att vissa nya anläggningar måste vara nationella och inte lokala resurser, förklarar Freddy Ståhlberg.

Text & foto: Ingela Björck

FAKTA OM Lund University Bioimaging Center

Lund University Bioimaging Center LBIC (uttalat L-bick) startades hösten 2008. Här finns den kunskap inom medicinsk fysik, medicin, kemi, teknologi och matematik som behövs för att utveckla biomedicinsk bildteknik och tolka bilderna.

Enheten har flera sorters utrustning: MR (magnetkameror), utrustning för skiktröntgen, för PET- och SPECT-teknik som mäter strålningen från radioaktiva isotoper, avancerade elektromikroskop och högupplösande ljusmikroskop. Utrustningen kan användas bl.a. för att studera funktionen och ämnesomsättningen i olika organ, följa sjukdomsprocesser och undersöka effekten av olika läkemedel. LBIC är öppet för forskargrupper från hela LU.

Mer info www.med.lu.se/bioimaging_center.

Läs resten av artiklarna i temat om big data

Kommentera

E-postadressen publiceras inte. Obligatoriska fält är märkta *